Muuttoliikkeen ja kirkosta eroamisen aiheuttamasta jäsenmäärän vähenemisestä on seurannut, ettei henkilöiden maksamien kirkollisverojenkaan määrä juuri kasva. Verotulot muodostavat vajaat 80 % yhtymän tuloista. Muita tulolähteitä ovat muun muassa vuokratulot, rahoitustuotot sekä erilaiset maksutuotot esim. leirimaksut ja päiväkerhomaksut ja hautaamiseen liittyvät maksut.

Nykymenolla yhtymän tulot eivät riitä kattamaan menoja ja poistoja, investoinneista puhumattakaan. Yhtymässä on tavoitteena, että menoja karsitaan niin, että vuosikate riittäisi vuonna 2009 suunnitelman mukaisiin poistoihin ja vuoteen 2012 mennessä myös poiston ylittäviin välttämättömiin investointeihin.

Talousarvion mukaan tavoitteeseen päästään siten, että seurakuntien saamat määrärahat vähenevät asteittain, ensi vuonna 0,5 prosenttia sekä kahtena seuraavana vuonna molempina yhden prosentin edellisestä vuodesta. Käytännössä kolmessa vuodessa seurakuntien määrärahojen reaaliarvo putoaa vuoden 2006 tasosta yli 8 prosenttia. Seurakunnat joutuvat etsimään säästökohteita, luultavasti myös vähentämään henkilökuntaa. Mahdolliset henkilöstön vähennykset tapahtuvat luonnollisen poistuman kautta, irtisanomia ei ole luvassa.

Seurakuntayhtymä on myös investoinneissaan hyvin pidättyväinen. Suuria uudisrakennus- tai peruskorjaushankkeita ei ole kolmen vuoden aikana suunnitelmissa hautausmaita lukuun ottamatta. Suurin yksittäinen oleva investointikohde lähivuosina on Malmin hautausmaarakennusten peruskorjaus, yhteensä 9,2 miljoonaa euroa, josta ensi vuoden osuus on 2 miljoonaa. Malmille rakennetaan muun muassa uusi krematorio sekä peruskorjataan erilaisia huoltorakennuksia. Yhteensä talousarvio sisältää ensi vuodelle investointeja 9,8 miljoonaa euroa.

Seurakuntayhtymän ensi vuoden budjetissa yhtymän tuottojen arvioidaan olevan ensi vuonna yhteensä n. 105 miljoonaa euroa (tänä vuonna 100 milj).  Verotuloja arvioidaan olevan 83,5   miljoonaa (83 milj.) euroa, mistä henkilöverotuloja n. 69 miljoonaa euroa (68,5) ja osuutta yhteisöveron tuotosta 14,5 miljoonaa (14,5 milj.) euroa. Osuus yhteisöveron tuotosta oli vuonna 2005 vielä 19 miljoonaa euroa.

Toimintakuluja ensi vuodelle on seurakuntayhtymässä arvioitu olevan 89,5 miljoonaa, valtion perimiä verotuskustannuksia 1,9 miljoonaa ja kirkon keskusrahastomaksuja 6 miljoonaa euroa. Keskusrahastomaksulla kustannetaan kirkon yhteinen toiminta ja tuetaan vähävaraisia seurakuntia.

Ensi vuodeksi budjetoituvuosikate on 4,5 milj. euroa.  Poistojen jälkeen tilikauden tulos on noin –1,5 milj. euroa. Kun investoinnit joudutaan tekemään säästöjä syömällä, on kassavarojen muutos noin –5,8 milj. euroa.

Luvut perustuvat Helsingin seurakuntayhtymän vuoden 2007 talousarvioehdotukseen, jota yhteinen kirkkoneuvosto käsittelee torstaina 26. lokakuuta Lopullisesti siitä päättää yhteinen kirkkovaltuusto 14. joulukuuta.